Durante la guerra civil la imagen de la Santísima Virgen de la Amargura es una de las muchas que se perdieron, y en 1940 se celebra la procesión de Viernes Santo sin imagenes, sólo con el estandarte de la "Oración en el Huerto". Pronto la familia Plazas regaló una nueva imagen, que en 1949 sería sustituida por la actual, debida al escultor murciano Sánchez Lozano.
Desde el año 1942 al 1956 se produce un nuevo relanzamiento del Paso, renovándose casi todo lo que existe. También corresponden a este periodo los quince misterios que orlan el trono de la Virgen, obra del tallista Antonio Soriano y la adquisición de otro nuevo trono para el Cristo del Rescate.

Entre los años 1957 a 1963 se realiza el gran grupo de "Las tribus de Israel" y el de "Majencio en su marcha contra Constantino".

Cinco presidentes y una gestora dirigen el Paso en este periodo:  

1939 - 1942 D. Antonio Garcia Campoy

1942 - 1946 D. Juan Bautista Llamas Campoy

1946 - 1956 D. Mariano Garcia Carrillo

1956 - 1957 Gestora Presidida por D. Agustin Aragon Martinez

1957 - 1963 D. Pedro Arcas Soler

1963 - 1966 D. Manuel Campoy Angosto